유전체와 의료데이터 분석
Seunggeun Lee (lee7801@snu.ac.kr)
Goals
많은 양의 유전체 와 의료 데이터가 수집되었으며, 이를 분석하는 것은 중요한 문제이다. 이 코스는 플립러닝 형식의 special
topic course로 인간 유전체 데이터 및 의료 데이터를 분석하는 여러가지 방법들을 소개한다.
이강좌는 크게 2가지 파트, 1) 유전체 데이터 분석과 2) EMR 헬스 데이터 분석으로 나뉜다.
– Genetics/Genomics data characteristics: HWE/LD/Haplotype
– Genotyping technologies: NGS and genotype imputation
– Association analysis: GWAS, rare variant tests, meta-analysis, Risk prediction
– Clinical data, EMR
– EMR data analysis
Content
Week 01 Course introduction, Data characteristics: HWE, LD
Week 02 Massively parallel sequencing
Week 03 DNA chip and imputation
Week 04 GWAS
Week 05 Population stratification and Mixed effect model
Week 06 Heritability estimation
Week 07 Risk prediction, Mendelian Randomization
Week 08 Rare variant test
Week 09 Meta Analysis, Pathway Analysis
Week 10 Health data Intro
Week 11 Clinical data
Week 14 EMR
Week 13 Subtyping
Week 14 Precision medicine
Week 15 Final project presentation
Grading Policy
출석: 10%, 과제 90%