유전체와 의료데이터 분석

Instructor: Seunggeun Lee (lee7801@snu.ac.kr)

Goals

많은 양의 유전체 와 의료 데이터가 수집되었으며, 이를 분석하는 것은 중요한 문제이다. 이 코스는 플립러닝 형식의 special
topic course로 인간 유전체 데이터 및 의료 데이터를 분석하는 여러가지 방법들을 소개한다.

 

이강좌는 크게 2가지 파트, 1) 유전체 데이터 분석과 2) EMR 헬스 데이터 분석으로 나뉜다.

 

– Genetics/Genomics data characteristics: HWE/LD/Haplotype
– Genotyping technologies: NGS and genotype imputation
– Association analysis: GWAS, rare variant tests, meta-analysis, Risk prediction
– Clinical data, EMR
– EMR data analysis

Content

Week 01 Course introduction, Data characteristics: HWE, LD

Week 02 Massively parallel sequencing

Week 03 DNA chip and imputation

Week 04 GWAS

Week 05 Population stratification and Mixed effect model

Week 06 Heritability estimation

Week 07 Risk prediction, Mendelian Randomization

Week 08 Rare variant test

Week 09 Meta Analysis, Pathway Analysis

Week 10 Health data Intro

Week 11 Clinical data

Week 14 EMR

Week 13 Subtyping

Week 14 Precision medicine

Week 15 Final project presentation

Grading Policy

출석: 10%, 과제 90%